In het laatste decennium van de 16de eeuw maakten de bestuurders van de prille Leidse universiteit - opgericht in 1575 - zich zorgen. De studentenaantallen voldeden niet aan de verwachtingen, was deze onderwijsinstelling wel een lang leven beschoren? Er waren duidelijk maatregelen nodig om haar aantrekkelijker te maken.
En zo geschiedde: in 1590 kreeg Leiden zijn academische botanische tuin, met de plantkundige coryfee Carolus Clusius als boegbeeld. En in ongeveer dezelfde periode besloot het universiteitsbestuur tot een nieuwe behuizing van de universiteitsbibliotheek in een kleine kapel aan het Rapenburg, waar ook meteen ruimte was voor een zeer moderne faciliteit: een anatomisch theater.